日南市の、市の名を冠する駅である。1941年（昭和16年）の開業当初は「吾田（あがた）駅」という名だった。当時はこの辺りが南那珂郡吾田町だったからで、飫肥町に設けられた飫肥駅、油津町に設けられた油津駅と共に、その名にそれぞれの町名を冠する駅のひとつだった。1950年（昭和25年）、吾田町、飫肥町、東郷村、油津町の3町1村が合併して「日南市」が誕生した。それに伴い、吾田駅は1952年（昭和27年）、日南駅に改称されている。

通常、自治体の名を冠する駅というものは、その自治体の中心部に設けられているものだ。確かに日南駅の近くには日南市役所や日南警察署、日南市消防本部、日南労働基準監督署などがあり、日南市の行政の中心と言っていい。しかし商業の中心であるかと言えば、必ずしもそうではない。日南市が誕生する以前、宮崎県南部の中心地は飫肥町だったと言っていい。江戸時代に飫肥藩伊東家五万一千石の城下町として栄えた歴史を背景に、明治期以降も政治や文化の面で県南の中心地だったのだ。一方で、商業の中心地は油津だった。江戸時代には飫肥杉の積出港として栄え、昭和初期には“マグロ景気”に沸いた町だ。それらが合併して日南市が誕生した後もそうした位置付けはあまり変わらず、日南駅周辺には小さな店舗が軒を並べているだけで、デパートなどの大きな商業施設は何も無かった。日南市役所が吾田町に置かれたのは、単に地理的に市域の中心に当たるという理由だったのではないか（用地の確保が容易だったという理由もあったかもしれない）。現在では主要道路沿いに大きな駐車場を備えた大型店舗が増えて商業地域が拡散した印象もあり、“商業の中心は油津”という図式は薄れつつあるが、それでも市内唯一のデパートは今も油津の町にある。

そうした状況だったから、かつて宮崎が観光地として一世を風靡した時代、予備知識無く“日南の観光に訪れるのだから日南駅で降りればよいのだろう”と、日南線を日南駅で降りてしまって戸惑った観光客もあったという。当時、日南海岸観光の拠点としては日南駅ではなく油津駅で下車し、駅近くの宮崎交通の営業所からバスやタクシーを利用しなくてはならなかった。現在も油津駅舎には日南市観光協会が観光案内所を開設しており、そうした性格を物語っている。

日南駅の駅舎は2020年（令和2年）4月にリニューアルされている。このリニューアルによって、かつて駅の事務室として使われていたスペースは自由に使用できるコミュニティースペースに生まれ変わっている。リニューアルに際してはアンケート調査に加え、地元の高校生を中心とした市民ワークショップも開催されてコンセプトが決められたという。駅舎内のリニューアルに伴って外観も化粧直しが施された。外壁や窓脇などに飫肥杉が用いられている。

ほとんどの駅が無人駅となった日南線に於いて、日南駅では業務委託が行われて係員が常駐して乗車券の販売や改札業務を行っていたのだが、このリニューアルによって日南駅も無人駅となった。

日南駅は単式ホーム1面1線の地上駅だ。もともとは2面3線の駅で、日本パルプ工業（地元では「日パ」と通称していた、現在の王子製紙日南工場）への引き込み線がここから延びていた。現在は駅舎側のホームが使われており、その向こうには使われなくなった島式ホームが草に埋もれている。

駅前はロータリーになっており、タクシーや地元のコミュニティバスの発着所を兼ねている。ロータリーの中心部は駐車場として使われている。東京近郊では信じられないことだが、この駐車場は無料で利用することができる。

駐車場となったロータリー中心部の一角に、伊東マンショの像が立っている。伊東マンショは、いわゆる「天正遣欧少年使節」のひとりとして知られる。1582年（天正10年）、大友宗麟、有馬晴信、大村純忠といった“キリシタン大名”によってローマ教皇のもとに派遣された四人の少年からなる使節団のことだ（大友宗麟の関与については異説がある）。彼らはヨーロッパに到着後、ローマ教皇やスペイン国王らに謁見、1590年（天正18年）に帰国した。伊藤マンショは日向国都於郡（現在の宮崎県西都市）の生まれで、本名は祐益といい、父は伊東祐青、母は伊東義祐の娘（「町の上」と通称される）である。伊東義祐は伊東氏第10代当主で、その三男である伊東祐兵は関ヶ原の戦いで東軍に味方し、この功績によって飫肥藩の所領を得て、その後の太平の世を飫肥藩伊東家五万一千石として栄えることになる。すなわち伊東マンショは伊東家の一族であり、そこから伊藤マンショの像が日南駅前に設置されることになったのだろう。ちなみに2012年は伊東マンショ没後400年に当たり、マンショの故郷である西都市を中心にさまざまな記念行事が開催されたようだ。

日南駅前には国道222号が南北に延びて油津の町と飫肥の町を繋いでいる。国道222号は油津の町で国道220号に繋がり、西では飫肥の町からさらに山間部を抜けて峠を越え、都城市へと至っている。駅前から西南方向へと真っ直ぐに延びる道路は、やがて県道436号となって南下し、細田や大堂津、目井津や榎原方面へと繋ぐ機能を果たしている。それらの道路沿いを中心に市役所や警察署といった行政施設や、銀行、スーパーなどの商業施設が点在している。駅前から少し離れれば水田や畑地の残る長閑な風景が広がっている。